Причиной запрета назван экстремизм; ранее запретить НСО требовала Генеральная прокуратура.

13 членов этой организации проходят по делу о "нескольких десятках убийств, покушении на терроризм, создании и участии в экстремистском сообществе и разжигании межнациональной розни", - рассказал адвокат одного из обвиняемых Дмитрий Бахарев. По словам защитника, все обвиняемые в материалах уголовного дела названы членами НСО, хотя многие из них, по его данным, ни к каким организациям не принадлежали. Одним из лидеров НСО следствие считает Льва Молоткова, сообщил Бахарев. Группу во главе с Молотковым арестовали в августе 2008 года.

В разное время с названием НСО связывали так называемое дело о "казни таджика и дага" (группировка "Главный штаб боевых отрядов Национал-социалистической партии Руси", взявшая ответственность за убийство, признавала над собой руководство НСО), а также группировку "Формат 18" и ее руководителя Тесака (Максима Марцинкевича).

Одним из лидеров НСО называли Дмитрия Румянцева. Сообщалось, что он основал националистическую организацию в 2004 году. Члены организации планировали бороться за власть в стране и строить русское национальное государство на основе национал-социалистической идеологии.