Согласно документу, командованию Черноморского флота придется запрашивать у министерства обороны Украины разрешение на выход кораблей и самолетов из мест постоянной дислокации, указывая при этом численность экипажа, и характер вооружений и боеприпасов, находящихся на борту.
Пересекать границу им отныне предписано в специальных местах, где компетентные власти Украины смогут проверять у личного состава документы.
В случае невыполнения этих требований государственные контрольные органы Украины в соответствии с Конвенцией ООН по морскому праву от 1982 года "могут потребовать от военного корабля (судна обеспечения) или летательного аппарата Черноморского флота РФ немедленно покинуть внутренние и территориальные воды Украины или ее воздушное пространство".
Указ вступает в силу с момента опубликования.
До сих пор российское командование лишь ставило украинские власти в известность о своих намерениях.
Отсутствие должного механизма контроля за деятельностью российского флота на территории Украины, говорится в документе, "несет потенциальные угрозы национальной безопасности страны, особенно в случае использования воинских формирований ЧФ РФ против третьих государств".
Во вторник Ющенко выразил беспокойство в связи с участием кораблей российского Черноморского флота в военной операции против Грузии.
"Меня как президента особенно обеспокоила ситуация по использованию флота, который базируется на военной базе города Севастополя, в блокировании акватории Черного моря по всему периметру грузинской границы. Это опасный прецедент, поскольку именно из-за такого рода прецедентов Украина втягивается в международные конфликты, не желая этого", - сказал он журналистам в симферопольском аэропорту перед вылетом в Тбилиси.
Министерство иностранных дел России назвало решение украинского лидера "новым серьезным антироссийским шагом".
В российском внешнеполитическом ведомстве считают, что таким образом наносится удар по переговорному процессу о статусе Черноморского флота, и, более того, по всему комплексу двусторонних отношений.
Москва называет указ Ющенко противоречащим базовым соглашениям о пребывании российского Черноморского флота на Украине, заключенными между двумя сторонами в 1997 году.
"Российская сторона расценивает указанные действия руководства Украины как противоречащие духу и букве упомянутых соглашений и договора о дружбе, сотрудничестве и партнерстве между Российской Федерацией и Украиной 1997 года", - говорится в опубликованном заявлении МИД России.
Заместитель главы секретариата президента Украины Александр Шлапак сообщил, что указ Ющенко не имеет обратной силы, а следовательно, не распространяется на корабли ЧФ России, находящиеся в данный момент у берегов Грузии.
По словам Шлапака, командование ЧФ России уведомило украинский генштаб о выходе этих кораблей в море, однако в качестве места назначения указало Новороссийск.
Чиновник также сообщил, что два члена Совета национальной безопасности и обороны Украины - премьер-министр Юлия Тимошенко и министр внутренних дел Юрий Луценко - не стали визировать проект указа.
"Российская Федерация осуществила акт агрессии против Грузии. Инструментом агрессии стал, в том числе, Черноморский флот Российской Федерации, который базируется на территории Севастополя, Феодосии и некоторых других населенных пунктах Крыма. Таким образом, Украина, которая сейчас является внеблоковым нейтральным государством, стала де-факто соучастником агрессии Российской Федерации против Грузии", - говорится в заявлении.